燃油滤清器都是采用过滤式滤清。
在早期，汽油滤清器的滤芯有金属片缝隙式、金属滤网式、尼龙布式、多孔陶瓷式等几种。
柴油滤清器的滤芯有筒式毛毡式、尼龙布式、棉纱式等几种。
这些滤芯通过性能好，使用寿命长，但普遍存在滤清效率低、结构复杂、成本高、保养不便等缺点，已逐渐被淘汰。
滤清器的过滤机理基本分为拦截式过滤和吸附式过滤两种方式，在过滤效率要求不高时，比如针对30微米以上颗粒的过滤，基本颗粒直径大于滤材的孔径，属于典型的拦截式过滤，但针对5微米一下的颗粒，直径小于滤材孔径，属于吸附式过滤方式，吸附式过滤主要用于高性能的柴油过滤器，并应用在电控共轨系统的柴油发动机。